Em 2003, foram criadas as Áreas Programáticas de Atenção Primária à Saúde e Atenção Secundária e Terciária à Saúde, com o intuito de promover qualificação, capacitação e aperfeiçoamento técnico para os profissionais vinculados à atenção básica e aos serviços de referência, respectivamente. Face ao novo enfoque em Saúde Pública, de reforço à integralidade da atenção à saúde, em 2007, ocorreu a fusão dessas duas áreas programáticas, através da criação da Coordenadoria de Pós-Graduação em Atenção à Saúde. Por ordem do Decreto nº. 30.602, de 15 de julho de 2011, a Coordenadoria passou a ser denominada Centro de Educação Permanente em Atenção à Saúde.

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